つづいて２年生終了時には、研究室に分属します。環境共生科学科には27名の教員1~3名ずつで構成される22の研究室（分属単位）があります（2023年5月時点）。学生は、教育コースに関わらず、すべての研究室へ分属を希望することができます。よって、研究室によっては、一つの研究室に異なるコースの学生が在籍することがあります。研究室分属では、教員1人あたり2~3名を基準にして、定員が決められています。希望者が定員を上回った場合は、各研究室が指定する科目の成績や単位数などに基づいて調整が行われます。十分に検討してもらうため、各研究室の研究内容を紹介する授業（環境共生科学概論など）や、研究室訪問などが用意されています。
　このようにして研究室が決まると、３年生からは分属した研究室のゼミや調査活動に先輩とともに参加します。４年生になると、自身の卒業研究に取り組みます。